Efter kontaktsmitta anses virus replikera sig i tonsillerna, varefter det sprids med lymfoida celler till andra lymfoida organ och till epitelceller i första hand i mag-tarmkanalen.
De viktigaste patologanatomiska fynden återfinns i mag-tarmkanalen och i lymfoid vävnad. Välavgränsade erosioner ner till basalmembranet ses framför allt i munhåla, löpmage, början av duodenum och slutet av ileum. Erosionerna lokaliseras här särskilt över Peyers plack. I grovtarmen är erosionerna mer utbredda och följer slemhinnevecken så att ett mönster, s.k. zebrateckning, uppstår. Lymfoida organ är utarmade på lymfocyter, och nekroser kan ses.
Histologiskt ses inklusionskroppar i cytoplasman och intranukleärt i angripna celltyper.
Syncytiebildningar och jätteceller ses såväl i epitel som i lymfoid vävnad. Virusantigen kan påvisas i angripna celler varför man tror att virusreplikering är en direkt orsak till dessa förändringar.