EEE/WEE/VEE
EEE har en infektionscykel mellan vattenfåglar och myggor i sötvattensträsk, varifrån spridning kan ske till andra fåglar, hästar och människor. Motsvarande cykel förekommer för WEE, men det är tättingar som är reservoar. Sporadiska fall på människa och häst uppträder årligen i USA, främst på sensommaren efter varmt och fuktigt väder, då man ibland får regelrätta utbrott som kulminerar omkring augusti och därefter avklingar. Häst och människa får vanligen inte tillräcklig viremi för att kunna smitta myggor vidare, vilket gör att de betraktas som slutvärdar.
Både EEE och WEE har isolerats från gnagare och andra små däggdjur, amfibier och reptiler, vilka eventuellt skulle kunna fungera som övervintringsvärdar.
Den naturliga ekologin för VEE är relativt okänd, men för de enzootiska varianterna av virus förekommer en infektionscykel mellan myggor och skogsgnagare. Epizootier förekommer på hästar och människor med oregelbundna mellanrum och mekanismen bakom dessa är ännu okänd. Många myggarter kan bära på viruset, vilket gör att det kan spridas även till relativt torra områden. Infekterade hästar får höggradig viremi, vilket möjliggör en infektionscykel mellan hästar och myggor. Smittspridning kan också ske via direktkontakt mellan hästar, vilket skiljer sig från övriga virala encefaliter på häst.
JE
Infektionscykeln involverar flera typer av Culex-myggor, som sedan sprider smittan vidare till fågel och svin. Hur virus övervintrar är inte känt. Hästar och människor fungerar som slutvärdar då de endast får låggradig viremi.