EEE/WEE/VEE
Vid misstanke om hästencefalit ska man alltid misstänka VEE och vidta åtgärder för att stoppa smittspridningen avseende den eftersom den kräver kraftigast åtgärder. Hästar ska stallas in och isoleras. Insektsbekämpning och skydd mot insektsbett minskar spridningsrisken.
För EEE och WEE anses häst och människa vara slutvärd då viremin anses vara för låggradig för att vektorn ska kunna återinfekteras. Däremot anses VEE-infekterade hästar kunna smitta vidare dels genom att kunna infektera vektorn, men även en viss grad av direktsmitta kan förekomma. I länder där viroserna återfinns används vacciner för både människa och häst, bestående av inaktiverat virus av en, två, eller alla tre arterna. Endast det trivalenta vaccinet skyddar mot alla 3, då ingen korsimmunitet föreligger. Vaccinerna uppges ge relativt god och varaktig immunitet, men biverkningar har rapporterats på människor.
JE
JE-vaccin finns för människa, gris och häst. Den i Asien mest lovande kontrollstrategin är att massvaccinera svin, vilket reducerar förlusterna på grund av sjukdom samtidigt som virusets förmåga att sprida sig minskar radikalt. Vektorbekämpning är en annan metod liksom immunisering av människa och häst.