Mul- och klövsjukevirus tillhör genus Aphtovirus inom familjen Picornaviridae. Det finns sju olika serotyper, A, O, C, SAT 1, SAT 2, SAT 3 och Asia 1, mellan vilka skyddande korsimmunitet inte föreligger. Baserat på antigena skillnader kan sedan varje serotyp indelas i subtyper. Inte heller mellan subtyper föreligger fullständig skyddande korsimmunitet. Totalt finns över 60 sådana subtyper.
Viruset är icke-höljeförsett och tål uttorkning, kyla, alkohol och ett flertal kemiska desinfektionsmedel. Det inaktiveras av solljus men kan överleva länge i kontaminerad omgivning vid rätt klimatbetingelser. Även i kött- och köttprodukter är överlevnadsförmågan god. I ruttnande kadaver inaktiveras dock virus på grund av lågt pH. I fuktig värme avdödas virus vid 60–70°C under 15 minuter. Det är relativt pH-känsligt och inaktiveras vanligen snabbt utanför området pH 6,5–9. Viss variation i känslighet förekommer dock och under praktiska betingelser bör man räkna med stabilitet mellan pH 4 och 11. Som desinfektionsmedel används bl.a. NaOH 2 % och formalin. För handdesinfektion och liknande kan citronsyralösning användas.