Samtliga encefaliter är zoonoser.
EEE/WEE/VEE
EEE kan infektera hästar, grisar, fåglar, fladdermöss, reptiler, amfibier, pungdjur och gnagare.
Klinisk sjukdom vid EEE/WEE/VEE ses främst hos häst, människa, åsna och mula. EEE ger högst mortalitet hos människa, men är också mest sällsynt hos människa. De flesta fåglar blir subliniskt sjuka men bland annat fasaner och strutsar kan bli kliniskt sjuka.
WEE virus kan infektera fåglar, hästar och en del andra däggdjur, bland annat gris.
VEE drabbar liksom de övriga sjukdomarna främst hästdjur och människor. Gnagare tros vara det naturliga värddjuret för enzootisk variant av viruset. Nötkreatur, grisar och hundar kan vara asymtomatiskt infekterade. En rad med laboratoriedjur kan infekteras experimentellt.
JE
JE drabbar främst människa och häst. Svin, som vid infektion främst får reproduktionsstörningar fungerar som virusspridare eftersom de får en kraftig viremi. Även fåglar kan infekteras. Nötkreatur kan infekteras, men blir inte sjuka.