INKUBATIONSTID: 5–15 dagar.
Hästar får en mycket låg viremi och de allra flesta drabbas enbart av subklinisk sjukdom. Klinisk sjukdom (encefalit/myelit) visar sig som depression och aptitlöshet tillsammans med en eller flera av följande symtom; feber, ataxi, svaghet, cirkelgång, omotiverat vandrande m.m.
Alla fåglar kan infekteras med West Nile virus men kliniska symptom är vanligare hos vissa fågelarter än andra. Vilka specifika symptom som fåglarna utvecklar styrs också i hög grad av vilken fågelart det är och variationen är stor. Tecken på WNV infektion hos vissa fåglararter kan vara ospecifika symptom med inappetens, nedsatt allmäntillstånd, svaghet och avmagring. Vissa arter drabbas av olika typer av neurologiska symptom som t.ex. ataxi, förlamning, tremor, nystagmus, cirkelgång, synrubbningar och kramper . Mortaliteten bland olika arter varierar också och hos t.ex. kråkfåglar är mortaliteten hög.
De flesta infekterade människor insjuknar inte alls, några drabbas av influensaliknande symtom med feber och värk i huvud och kropp. Ca en på 150, främst äldre personer, drabbas av encefalit eller meningit med hög feber, nackstelhet, desorientering, paralys, tremor, muskelsvaghet, koma och ibland slutligen död.