West Nile virus tillhör genus Flavivirus, familjen Flaviviridae som är små enkelsträngade RNA-virus. Närbesläktade virus är Japansk encefalitvirus, Murray Valley encephalitisvirus och St. Louis encephalitisvirus.
Flavivirus är höljeförsedda och därmed känsliga för
fettlösande rengöringsmedel och de flesta desinfektionsmedel.