Fastän alla varmblodiga djur är mottagliga för rabies kan många djurarter betraktas som slutvärdar, dvs. djur som infekteras, men att risken för vidare smittspridning från dessa bedöms som liten. Urban respektive sylvatisk rabies utgör två skilda epidemiologiska system.
Urban rabies
De flesta humana fallen förekommer inom den urbana cykeln genom kontakt med infekterade hundar. Smittspridningen underhålls främst genom lösspringande domesticerade hundar. Katter bidrar inte signifikant till sjukdomens fortlevnad. Urban rabies förekommer främst i samhällen som har ett stort antal ovaccinerade gatuhundar. Hundar med furiös rabies kan bli aggressiva och bitas samt kan springa långt och sprida sjukdomen till nya områden. Urban rabies förekommer i första hand i Afrika, Indien, Sydostasien och i delar av Central- och Sydamerika.
Sylvatisk rabies
Sylvatisk eller ”wild life rabies” förekommer över stora geografiska områden där sjukdomen finns. Sjukdomsincidensen är i stor utsträckning relaterad till populationstätheten hos sjukdomens huvudsakliga värddjur. I varje ekosystem är oftast ett eller ibland två djurslag ansvariga för en epizootis fortlevnad. Mer eller mindre oberoende av varandra uppehålls epizootier i olika delar av världen av exempelvis skunk, räv, polarräv, tvättbjörn, mårdhund och fladdermöss. I Europa är räv och mårdhund de huvudsakliga reservoarerna. Schakalen är betydelsefull i delar av Afrika och Asien, och vargar i norra Asien.
Vampyrfladdermöss har länge erkänts som den huvudsakliga källan till rabies i Sydamerika. Ett stort antal nötkreatur dör årligen av rabiessmittade vampyrfladdermöss och detta är det enda område där sjukdomen kan betraktas som orsak till väsentliga produktionsförluster för animalieproduktionen. Även i Nordamerika är fladdermöss reservoar för rabiesvirus. I norra Europa har mårdhundar bidragit till sjukdomens spridning.
Majoriteten av de djur som var infekterade under den senaste epizootin i Finland utgjordes av mårdhund, och vid en eventuell smittspridning i Sverige är mårdhunden tillsammans med räven en potentiellt viktig spridare av sjukdom. I Europa förekommer inte rabiesvirus (genotyp 1) hos fladdermöss. Däremot har andra lyssavirus (European Bat Lyssavirus 1 och 2) påvisats hos dem.
Läs mer om EBLV hos fladdermöss här.