West Nile virus ger en ospecifik bild av viral encefalit/myelit hos drabbade hästar. Makroskopiska fynd är ovanliga och när de förekommer är de begränsade till CNS.
Fåglar med West Nile virus infektion kan uppvisa ett brett spektrum av makroskopiska och mikroskopiska lesioner. Tecken som rapporterats är avmagring, blödningar/petechier i inre organ, förstorad mjälte och lever, plenomegaly, hepatomegaly, blekt myokard, lever, mjälte och njurar.
Histologiska förändrignar förekommer i CNS, hjärta, mjälte, lever och njurar.