Sjukdomen som vi nu känner till som fågelinfluensa beskrevs 1878 och redan 1901 konstaterade man att sjukdomen orsakades av ett virus. Sedan dess har utbrott av fågelinfluensa inträffat med oregelbundna intervall på alla kontinenter. Två allvarliga utbrott av fågelinfluensa i Europa inträffade i Italien 1999–2000, där mer än 16 miljoner fåglar dog eller avlivades i bekämpningsarbetet samt i Holland 2003, då ca 30 miljoner fåglar avlivades eller dog och smittan även spreds till Tyskland och Belgien.
Sedan december 2003 har aviärt influensavirus av subtyp H5N1 orsakat svårbekämpade utbrott hos fjäderfän i flera länder i Sydostasien. Under 2005 kunde man se att även vilda fåglar insjuknade och dog av viruset vid en stor fågelsjö i Kina. Därefter spred sig viruset västerut till andra delar av Asien, Östeuropa och även Afrika. Under våren 2006 påvisades viruset hos vilda fåglar i ett flertal länder inom EU, och även Sverige. Fallen medförde restriktioner inom drabbade områden för att minska risken för smitta till fjäderfän. I samband med provtagning i ett viltfågelhägn inom ett sådant övervakningsområde i Oskarshamnstrakten påvisades Sveriges första fall av fågelinfluensa (hos fåglar i fångenskap).
Under vinterhalvåret 2016–2017 drabbades Europa av sitt dittills största utbrott av fågelinfluensa. Totalt rapporterades under perioden 1207 utbrott av HPAI på fjäderfä och andra fåglar i fångenskap och 1590 fall på vilda fåglar. Det var då framför allt subtypen H5N8 som diagnostiserades.