Fågelinfluensa orsakas av influensavirus typ A, som hör till familjenOrthomyxoviridae. Utifrån två ytstrukturer på influensaviruset, hemagglutinin (HA) och neuraminidas (NA), indelas influensa A-virus i olika subtyper, till exempel H2N3. Sexton olika subtyper av hemagglutinin (H1-H16) och nio olika varianter av neuraminidas (N1-N9) finns beskrivna.
Fågelinfluensavirus klassas ofta som antingen lågpatogena eller högpatogena efter deras sjukdomsframkallande förmåga hos fjäderfän. Lågpatogena fågelinfluensavirus med hemagglutininsubtyperna H5 och H7 kan hos fjäderfä mutera till att bli högpatogena.
Influensavirus är höljeförsett, och därmed relativt känsligt för miljöpåverkan och de flesta desinfektionsmedel. Viruset avdödas vid upphettning till 70ºC.