Följande sjukdomar måste beaktas som differentialdiagnoser till aviär influensa:
- Newcastlesjuka
- hönskolera
- infektiös laryngotrakeit (ILT)
- bakteriell infektion i kam och slör hos fåglar
- virusenterit hos anka
- akut förgiftning
Mindre allvarliga former av sjukdomen kan förväxlas med många andra sjukdomar med respiratoriska och/eller mag-tarmsymtom.