Bakteriologisk odling
Odling är en värdefull metod för diagnostik av kliniska fall och i begränsad utsträckning även av bärardjur. Den långa odlingstiden i kombination med att infekterade djur inte alltid utsöndrar bakterier är en allvarlig nackdel. Faecesprov kan först undersökas mikroskopiskt avseende förekomst av syrafasta stavar. De syrafasta stavar som ses i ett positivt prov kan inte med säkerhet skiljas från andra mykobakterier och avsaknad av syrafasta stavar är inget säkert kriterium för att avfärda paratuberkulos.

Mikroskopering och odling från rektumbiopsier görs också men då långt ifrån alla fall har förändringar i denna del av tarmen är inte heller detta säkert. Bäst resultat rapporteras för odling i kombination med histopatologi från ileocekallymfknuta uttagen genom laparatomi. Denna metod är dock uppenbart opraktisk vad gäller undersökning av ett flertal djur. I Sverige används odling från träckprov på levande djur och från tarm- tarmlymfknuta och tarminnehåll på döda djur som bas för diagnostiken. Det frivilliga svenska kontrollprogrammet för köttdjur baseras på årliga träckprovsodlingar. Odling utförs på alla nötkreatur och får som obduceras inom obduktionsanslaget.