Flera faktorer som berör epidemiologin har redan noterats. Unga djur är mest mottagliga och infektionen sker vanligen vid låg ålder. Smittvägen är huvudsakligen fekal-oral. Möjligheten till intrauterin smitta och överföring via sperma har diskuterats. Inkubationstiden är extremt lång och djuren urskiljer under denna tid smittämnet intermittent. Djur kan bli bärare utan att visa sjukdom och bakterien har en stor förmåga att överleva i miljön. När det första kliniska fallet visar sig i en besättning är detta alltså toppen på ett isberg. Incidensen kliniska fall under ett år varierar mellan 1 och 5 % men infektionsgraden kan vara 50 %. Förlusterna i en mjölkkobesättning med paratuberkulos orsakas inte främst av bortfall av djur, utan av den sänkning av mjölkproduktionen som fås vid subklinisk infektion. Uppgifter finns också om att dessa djur är mer mastit- och infertilitetsbenägna. Sådana förluster är svåra att kostnadsuppskatta men de kan vara avsevärda.