Paratuberkulos drabbar främst idisslare. Bland domesticerade djur förekommer sjukdomen främst hos nötkreatur, får och get. Vilket djurslag som är huvudreservoar varierar mellan olika regioner. Olika stammar tycks dominera hos nöt, get och får. Sjukdomen förekommer även bl.a. hos hjort, ren, antilop, kamel, buffel, lama och jak. Grisar som utsätts för höga infektionsdoser kan få en infektion lokaliserad till tarmlymfknutorna. Kanin tycks också mottaglig och i Skottland har man påvisat smittade och sjuka vildkaniner i närheten av smittade nötkreatursbesättningar.

Möjligheten till infektion hos människa har diskuterats i samband med att man hos vissa patienter med Crohns sjukdom funnit M.avium subsp paratuberculosis i tarmväggen. Något definitivt samband med paratuberkulos har dock inte kunnat klarläggas.