1998 påbörjades ett frivilligt kontrollprogram för köttrasbesättningar, vilket fått stor genomslagskraft och för närvarande är majoriteten av avelsbesättningarna inom köttrasaveln anslutna. Kontrollprogrammets syfte är att kontrollera frihet från paratuberkulos hos avelsbesättningarna av köttdjur och därmed säkra tillgången på avelsdjur från testade besättningar. Därmed skall man förebygga en eventuell spridning av paratuberkulos bland köttdjuren och även förebygga en möjlig vidare spridning till mjölkbesättningarna. Kontrollprogrammet administreras av Svenska Djurhälsovården och finansieras av Jordbruksverket. SVA svarar för diagnostiken. Vidare lyder paratuberkulos under epizootilagen och är därmed anmälningspliktig vid klinisk misstanke och skyldighet att utreda misstankar föreligger.

Så länge som effektiva metoder för att spåra bärare saknas, samtidigt som sjukdomen redan vunnit stor spridning då kliniska fall inträffar, måste den betraktas som mycket svårbekämpad. I länder där smittämnet förekommer kan identifiering av smittade besättningar och isolering eller utslaktning vara aktuellt. Inom en besättning bör kalvarna skiljas helt från korna direkt vid födelsen och enbart fodras med råmjölk och mjölk från fria djur. Infekterade djur identifieras med upprepade undersökningar och slås ut. Speciella hygienregler måste införas. Utrotning av paratuberkulos från en besättning tar lång tid, och är i praktiken omöjlig utan total utslaktning av en smittad besättning, sk stamping out.

I Sverige tillämpas stamping out, med stöd av epizootilagen.