Jordbruksverket är ansvarig myndighet för kontroll och bekämpande av epizootisjukdomar. Jordbruksverkets beredskapsplan vid epizootiutbrott omfattar nationell och regional/lokal nivå. Första anmälan om misstänkt fall eller enstaka bekräftade fall hanteras i regel av avdelningen för djurskydd och hälsa på Jordbruksverket. Om ett utbrott tenderar att öka i omfattning eller om det rör sig om en allvarlig epizootisk sjukdom beslutas om att aktivera Jordbruksverkets krisorganisation och upprätta en nationell ledningscentral på Jordbruksverket. Om behov finns upprättas också en eller flera operativa ledningscentraler i närheten av sjukdomsutbrottet, varifrån den operativa fältverksamheten leds.
Jordbruksverkets distriktsveterinärorganisation är basen för smittskyddsarbetet i fält. Distriktsveterinärerna har riks- och dygnstäckande jourberedskap. Krisorganisationen ska ha en förmåga att utöva direkt ledning nära platsen för inträffad händelse. På förhand utbildade och övade team ska snabbt kunna sättas in vid en kris eller ökad hotbild. Team ska kunna inställa sig för tjänstgöring inom 48 timmar och på mindre än en vecka kunna starta upp en operativ ledningscentral ute i fält och utgöra kontakten mellan fältarbetet och den centrala ledningen. Medlemmar i ett team ska representera olika yrkeskategorier.
Nationell ledningscentral leder, samordnar och ansvarar för bekämpningsinsatserna samt anger strategier och riktlinjer för bekämpningen
Operativ ledningscentral leder och samordnar fältarbetet i det område där sjukdomen förekommer samt ser till att centrala beslut och riktlinjer genomförs.
Till Jordbruksverkets krisorganisation knyts samverkande myndigheter som SVA, Livsmedelsverket, länsstyrelse, polismyndighet, MSB(myndigheten för samhällsskydd och beredskap) m fl i den utsträckning som är nödvändig. Även näringens organisationer inbjuds till samråd. SVA har en central roll som expertmyndighet i smittskyddsarbetet.